温州市北麂列岛鸟类资源丰富,包括蛎鹬、翻石鹬、灰尾漂鹬等水鸟常在迁徙季节停留。该区域受人为干扰较大,常有捡拾鸟蛋的行为发生。
区域分布的国际性受胁鸟类:中华凤头燕鸥(极危);区内分布数量超过东亚种群 1% 的鸟类:中华凤头燕鸥、褐翅燕鸥。